조특법§68④이 적용되는 “식량작물재배업 외의 소득”에 수입농산물의 유통·판매에서 발생한 소득이 포함되는지

구 조세특례제한법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정되기 전의 것) 제65조제2항제3호에 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 포함되지 아니함

○㈜농업회사법인A(이하 “쟁점법인”)는 농어업경영체법§19①에 따라 설립된 농업회사법인으로 국산·수입 농산물을 국내에 유통하고 있음

• 신청인은 쟁점법인의 대표이며 주주(지분율 20%)로 조특법§68④에 따라 쟁점법인으로부터 지급받은 배당소득에 대하여 분리과세를 적용하여 신고함

2. 질의요지

○배당소득 분리과세 특례인 조특법 §68④ 적용대상이 되는 “식량작물재배업 외의 소득”의 해당여부를 판단함에 있어서

-2024.2.29. 개정 전 조특령 §65②⑶에 규정된 소득에 “수입농산물의 유통 및 판매에서 발생한 소득”이 포함되는지 여부

3. 관련 법령

○ 구 조세감면규제법(1989.12.30. 법률 제4165호로 본조 신설) 제40조의7【위탁영농회사에 대한 조세특례】

① 영농용역을 공급하기 위하여 설립한 법인으로서 대통령령이 정하는 위탁영농회사에 대하여는 제15조제1항의 규정에 준하여 농업경영 및 농작업의 대행사업에서 발생한 소득에 대한 법인세를 감면한다.

② 제1항에 규정에 의한 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 감면신청을 하여야 한다.

○구 조세감면규제법(1995.12.29. 법률 제5038호로 개정) 제53조【농업회사법인에 대한 법인세면제등】

① 농어촌발전특별조치법에 의한 농업회사법인(이하 “農業會社法人”이라 한다)에 대하여는 농지소득에 대한 법인세를 면제하고 농지소득외의 소득에 대한 법인세를 제6조제1항의 규정을 준용하여 감면한다.

② 대통령령이 정하는 농업인이 농업회사법인(農地法에 의한 農業法人의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 농지를 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 감면한다. 이 경우 제52조제5항 내지 제7항의 규정을 준용한다.

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정) 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대하여는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 소득세법 제14조제2항의 규정에 따른 종합소득과세표준계산의 경우 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다. <신설 2006.12.30.>

○구 조세특례제한법(2014.01.01. 법률 제12153호로 개정) 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2015년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 소득세법제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1>

○조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28., 2023.12.31>

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득(현물출자와 관련하여 농업회사법인이 인수한 채무가액에 상당하는 대통령령으로 정하는 소득은 제외한다)에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 농지 또는 초지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28, 2023.12.31>

③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조제9항 및 제10항을 준용한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28., 2023.12.31>

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 소득세법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28., 2023.12.31>

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

⑥ 제2항 본문 및 단서에 따른 양도소득세의 감면에 관하여는 제66조제5항, 제6항 및 제8항을 준용한다. <신설 2016.12.20>

○구 조세특례제한법 시행령 (2024.2.29 대통령령 제34263호로 개정되기 전의 것) 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다. <개정 2008.2.22, 2008.6.20, 2009.10.8, 2009.11.26, 2010.2.18, 2012.2.2, 2014.2.21, 2015.12.22, 2019.2.12, 2022.5.9>

1. 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

3. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

③ 법 제68조제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제2항 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다) 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득을 말한다. <신설 2014.2.21, 2019.2.12, 2020.2.11>

○조세특례제한법 시행령 (2024.2.29 대통령령 제34263호로 개정된 것) 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다. <개정 2008.2.22, 2008.6.20, 2009.10.8, 2009.11.26, 2010.2.18, 2012.2.2, 2014.2.21, 2015.12.22, 2019.2.12, 2022.5.9, 2024.2.29>

1. 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

3. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득. 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.

③ 법 제68조제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제2항 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다) 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득을 말한다. <신설 2014.2.21, 2019.2.12., 2020.2.11.>

○소득세법 제14조【과세표준의 계산】

③ 다음 각 호에 따른 소득의 금액은 종합소득과세표준을 계산할 때 합산하지 아니한다. <개정 2010.12.27, 2011.7.14, 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31, 2020.12.29, 2023.12.31>

5. 조세특례제한법에 따라 분리과세되는 소득

○농업․농촌 및 식품산업 기본법(이하 “농업식품기본법”) 제1조【목적】

이 법은 국민의 경제, 사회, 문화의 기반인 농업과 농촌의 지속가능한 발전을 도모하고, 국민에게 안전한 농산물과 품질 좋은 식품을 안정적으로 공급하며, 농업인의 소득과 삶의 질을 높이기 위하여 농업, 농촌 및 식품산업이 나아갈 방향과 국가의 정책 방향에 관한 기본적인 사항을 규정함을 목적으로 한다. <개정 2015.6.22.>

○농업식품기본법 제2조【기본개념】

이 법의 기본이념은 다음 각 호와 같다. <개정 2015.6.22.>

1.농업은 국민에게 안전한 농산물과 품질 좋은 식품을 안정적으로 공급하고 국토환경의 보전에 이바지하는 등 경제적ㆍ공익적 기능을 수행하는 기간산업으로서 국민의 경제ㆍ사회ㆍ문화발전의 기반이 되도록 한다.

2.농업인은 자율과 창의를 바탕으로 다른 산업종사자와 균형된 소득을 실현하는 경제주체로 성장하여 나가도록 한다.

3.농촌은 고유한 전통과 문화를 보존하고 국민에게 쾌적한 환경을 제공하는 산업 및 생활 공간으로 발전시켜 이를 미래세대에 물려주도록 한다.

○농업식품기본법 제3조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2013.3.23, 2015.1.20, 2015.6.22., 2020.12.8>

1.“농업”이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. "농업인"이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

3. "농업경영체"란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조제3호에 따른 농업경영체를 말한다.

4. "생산자단체"란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다.

5. "농촌"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.

• 가. 읍ㆍ면의 지역

• 나. 가목 외의 지역 중 그 지역의 농업, 농업 관련 산업, 농업인구 및 생활여건 등을 고려하여 농림축산식품부장관이 고시하는 지역

6. "농수산물"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

• 가. 농산물: 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것

○농어업경영체법 제1조【목적】

이 법은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

○농어업경영체법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2009.5.27, 2015.1.6, 2015.6.22., 2021.8.17>

1. "농업인"이란 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조제2호에 따른 농업인을 말한다.

2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

3. "농업경영체"란 농업인과 농업법인을 말한다.

○농어업경영체법 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등】

① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다. <개정 2015.1.6.>

○구 농어촌발전특별조치법(1994.12.22. 법률 제4818호로 개정되기 전의 것) 제7조【위탁영농회사의 육성】

① 농민·생산자단체 및 농지개량조합은 농업노동력의 부족등으로 농업경영이 곤란한 농가의 영농의 편의와 농업생산성의 향상을 도모하기 위하여 농림수산부령이 정하는 바에 의하여 위탁영농회사를 설립할 수 있다.<개정 1993.6.11.>

② 위탁영농회사는 농업경영이나 농작업의 전부 또는 일부를 대행할 수 있다.<개정 1993.6.11.>

○구 농어촌발전특별조치법(1994.12.22. 법률 제4818호로 개정된 것) 제7조【위탁영농회사의 육성】

① 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통·가공·판매함으로써 농업의 부가가치를 높이고 노동력의 부족등으로 농업경영이 곤란한 농업인의 농작업의 전부 또는 일부를 대행하여 영농의 편의를 도모하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업회사법인을 설립할 수 있다.